武汉病毒所的使命定位是针对人口健康、农业可持续发展和国家与公共安全的战略需求，依托高等级生物安全实验室团簇平台，重点开展病毒学、农业与环境微生物学及新兴生物技术等方面的基础和应用基础研究。着力突破重大传染病预防与控制、农业环境安全的前沿科学问题，显著提升在病毒性传染病的诊断、疫苗、药物以及农业微生物制剂等方面的技术创新、系统集成和技术转化能力，全面提升应对新发和突发传染病应急反应能力，为我国普惠健康保障体系、生态高值农业和生物产业体系、国家与公共安全体系的建设做出基础性、战略性、前瞻性贡献。按照“四个一流”的要求，建设具有国际先进水平的病毒学研究、人才培养和高技术产业研发基地，实现研究所科技创新的整体跨越，成为具有国际先进水平的综合性病毒学研究机构。

　　科研布局上设有分子病毒学研究中心、分析微生物学与纳米生物学研究中心、微生物资源与生物信息研究中心、病毒病理研究中心和新发传染病研究中心。共设有36个研究学科组。拥有病毒学国家重点实验室（与武汉大学共建）、中-荷-法无脊椎动物病毒学联合开放实验室、HIV初筛实验室、中科院农业环境微生物学重点实验室、湖北省病毒疾病工程技术研究中心和中国病毒资源科学数据库等研究技术平台。同时，武汉病毒所还是湖北省暨武汉微生物学会和中国免疫学会青年工作委员会的挂靠单位。2012年成立的武汉病毒所公共技术服务中心由分析测试中心、BSL-3实验室、实验动物中心、放射性同位素实验室、网络信息中心组成。管理系统设置综合办公室、组织人事处、科研计划处、财务处和研究生处等五个职能部门。

　　“中国病毒资源与信息中心”拥有亚洲最大的病毒保藏库，保藏有各类病毒1300余株。创建了具有现代化展示手段的我国唯一的“中国病毒标本馆”，集学科性、特色性和科普性于一体，是第一批“全国青少年走进科学世界科技活动示范基地”。

　　武汉病毒所现有生物学博士后流动站1个，微生物学、生物化学与分子生物学2个博士学位授予点和微生物学、生物化学与分子生物学、生物工程和免疫学4个硕士学位授予点。目前拥有在读研究生294人，其中博士生159人，硕士生122人，留学生13人（含硕士8人）。主办的《中国病毒学》是我国生物学医学核心期刊和病毒学权威刊物，长期被美国BA、CA等国内外文摘刊物和数据库收录。

　　武汉病毒所拥有一支以中青年为主体的高水平研究队伍。现有在职职工268人，“万人计划”百千万领军人才1人，“万人计划”青年拔尖人才1人，百千万工程3人，“国家杰出青年基金”获得者4人，国家自然科学基金委“创新群体”1个，科技部“中青年科技领军人才”1人，享受“国务院政府特殊津贴”5人；中科院“特聘研究员”6人，中科院“百人计划”15人，中科院“青年创新促进会”优秀会员1人、会员9人，中科院岗位教授2人；湖北省“百人计划”3人，湖北省“新世纪高层次人才工程”2人，湖北省有突出贡献中青年专家2人。一批德才兼备的学科带头人脱颖而出，在国际学术舞台崭露头角。

　　武汉病毒所将秉承“求真务实、团结协作、勇于创新、追求卓越”的所风，在宁静、优美、和谐的科研环境中创造祖国科技事业的辉煌，努力为我国病毒学发展和国民经济建设做出更大的贡献。